Criada a 8 de dezembro de 1953, por Decreto do Arcebispo Metropolitano de Porto Alegre, Dom Vicente Scherer, com a denominação de Faculdade Católica de Medicina de Porto Alegre e autorizada a funcionar pelo Decreto nº 50165, de 28 de janeiro de 1961, foi reconhecida pelo Decreto nº 54.234, de 02 de setembro de 1964. A 22 de agosto de 1969 foi autorizada a funcionar como “fundação de direito privado”, por força do Decreto-Lei nº 781, com denominação de Faculdade Católica de Medicina de Porto Alegre.
A característica principal desta instituição, além do alto nível técnico científico foi a de ser uma Escola Médica “isolada”. Embora este fato pudesse, a princípio, transfigurar-se em uma imagem desalentadora, ao contrário, serviu para fortalecê-la. Dentro deste prisma, em 1980, foi mais uma vez reconhecida e entendeu o Governo Federal que a mesma deveria ser federalizada. A 11 de dezembro daquele ano, por meio da Lei nº 6.891, passou a denominar-se Fundação Faculdade Federal de Ciências Médicas de Porto Alegre (FFFCMPA). Em 1987, por força da Lei n° 7.596, de 10 de abril, foi enquadrada como Fundação Pública. Em 11 de janeiro de 2008, é instituída a Fundação Universidade Federal de Ciências da Saúde de Porto Alegre - UFCSPA, por transformação da Fundação Faculdade Federal de Ciências Médicas de Porto Alegre, pela Lei nº 11.641.
Inicialmente, a Instituição concentrou-se na oferta do curso de graduação em Medicina. Já em 1964, com a implantação da Residência Médica demonstra claramente seu forte ideal na busca da mais alta qualificação no ensino médico. Esse objetivo, fundamental na história da instituição, continuou sendo norteador das ações quando, em 1968, implementou seu primeiro curso de pós-graduação lato sensu. Essa trajetória agregou experiência, possibilitando que, a partir de 1988, iniciasse a oferta de cursos de pós-graduação stricto sensu, em nível de Mestrado, seguido posteriormente pelo Doutorado.
Com essa abrangência das ações na área de ensino e, conseqüentemente, na de pesquisa, devido à consolidação de seus cursos de pós-graduação stricto sensu, a partir de 2004, amplia a sua atuação que ultrapassa o campo circunscrito da área médica e passa a dedicar-se mais amplamente à área da saúde, com o oferecimento de dois novos cursos de graduação: Nutrição e Biomedicina. Em 2007, ingressam os alunos da primeira turma do curso de Fonoaudiologia. No ano seguinte, em 2008, o curso de Psicologia passa a integrar o quadro de cursos de graduação da Universidade, consolidando o potencial de crescimento e desenvolvimento do projeto de expansão.
Essa ampliação indica claramente o caminho da UFCSPA como instituição especializada na área da saúde, uma vez que sua origem e competência vinculadas à área médica impulsionam o seu fazer. A partir disso, vem empreendendo seus esforços no sentido de qualificar e ampliar o seu escopo de atuação, sempre dentro da sua área de competência que é a da atenção integral à saúde.